三板市场起源于2001年的“股权代办转让系统”，最初是为了承接从STAQ、NET法人股市场转过来的所谓“两网股”，以及因各种原因退市的企业而建立的，称为老三板。2006年初，国家批准中关村科技园区的高科技企业在三板市场进行挂牌交易，并在2013年12月向全国放开。这是目前我们普遍称呼的新三板。自2014年以来，新三板市场持续火热，挂牌企业已超过1万家，目前新三板总市值超3.5万亿元。新三板资本市场发展如火如荼，同时形成了税收征管的边缘地带。
实务中，新三板公司自然人股东变更时很少到税务机关办理变更，这是目前税收征管的边缘空白地带。新三板公司自然人股东变更在全国中小企业股份转让系统中实施登记，无须到工商管理部门办理变更手续，税务变更手续也就无法完成前置审核。比如，深圳某公司是一家新三板企业，自2015年至2016年期间，自然人股权结构共发生了五次变化，但企业没有及时按照规定向主管税务机关履行申报、报告义务，受让方也未按规定对税款实施扣缴，税务管理处于空白状态。
新三板市场是除沪深两市证交所之外的第三家全国证券交易场所。根据《全国中小企业股份转让系统股票转让细则(试行)》，在交易机制方面，新三板交易方式实施的是协议转让和做市制度，协议转让是由买卖双方在场外自由对接达成协议后，再通过报价系统成交。而做市制度是由券商不断地向投资者提供买卖价格，并按其提供的价格接受投资者的买卖要求，以其自有资金和证券与投资者进行交易，从而通过买卖价差实现一定利润。从交易实质来看，无论是协议转让还是做市制度，进行的都是企业股权的转让，也是一种股票买卖行为。
随着新三板市场的不断壮大，国家不断出台针对新三板的税收政策，对于新三板交易过程中的涉税事项，如有明确规定的，适用具体的文件规定;如果没有明确规定的，根据《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》(国发〔2013〕49号)，“市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理”，这是从国家层面上对新三板市场的政策支持，其目的是鼓励和保护新三板市场的健康发展。因此，笔者认为，按照文件要求，对于立法空白领域，可以参照沪深两市的税收政策，以降低涉税执法风险。
目前焦点核心是国发〔2013〕49号只是一个原则文件，不能拿来作为税务局的依据。目前新三板属于两不靠状态，特别是对于是否缴纳增值税问题目前无解。个人理解，本着公平性如果个人所得税和企业所得税新三板股权转让和分红享受上市公司待遇，则股权转让环节也应该缴纳增值税;反之亦然。因此最坏结果是转让环节涉及的个人所得税和企业所得税无法享受上市公司待遇，还让你缴纳增值税。如果这样，则不符合国发〔2013〕49号政策的本意和初衷。
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