自行办理商标与委托代理机构办理两种途径在商标注册申请审查方面其实并没有什么差别，他们主要的区别在于后期联系的方式、提交的相关书件、以及文件的递交和最终送达通知的方式会有一定的差别。
在后期联系的方面，自行办理的申请人在办理过程中会直接与商标局直接联系；而委托商标代理机构办理的申请人在办理过程中，申请人是通过商标代理机构来与商标局发生联系的，并不需要直接与商标局发生联系。
在提交的书件方面，自行办理的申请人应按规定提交相关书件；委托商标代理机构办理的申请人还需要向商标局提交对应委托商标代理机构办理商标注册事宜的授权委托书。
在文件递交方式上，申请人自行办理的则由申请人或经办人直接将申请文件递交到商标局商标注册大厅，当然了申请人也可以通过网上申请系统提交；而商标代理机构则可以将申请文件直接递交、邮寄递交或者通过快递企业递交至商标局，同时也是可以通过网上申请系统来提交相关材料的。
关于文件送达方式上，申请人自行办理的，商标局的各种文件将会直接送达给商标申请人；委托商标代理机构办理的，文件送达商标代理机构
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